Sistem en tepede Sağlık Bakanlığına bağlanmıştır. Sağlık Bakanlığı bünyesinde Ulusal Koordinasyon Merkezi Kurulmuştur. Bu merkezin altında 7 coğrafi bölgeye ayrılmış olan Bölge Koordinasyon Merkezleri bulunur. Herhangi bir yerde bulunan organ önce bölge merkezine oradan da ulusal merkeze bildirilir. Ülke genelinde acil hastaların listelendiği yer ulusal merkezdir. Bu acil hastalara uyuyorsa ilgili merkezlere, uymuyorsa da öncelikle bulunduğu bölge içinde olmak üzere diğer merkezlere gönderilir.
Acil hasta kriterlerini ve dağıtım prensiplerini oluşturmak üzere de bilim kurulları teşkil edilmiştir. Bu bilim kurulları bakanlık içinden değil, üniversite öğretim üyelerinden teşkil edilmiştir. Bu kurullar konuyla ilgili prensipleri belirleyerek yönerge ve yönetmeliklerin oluşmasını sağlar. Böylelikle organizasyon bakanlık bünyesinde olmasına rağmen özerk bir mahiyet kazanır ve dağıtım işi tamamen üniversite öğretim üyelerinin mütabık kaldığı bir sistem içinde yürütülür. Bu uygulama sayesinde organizasyon ne sadece devlete bağımlı ne de sadece üniversiteler ve transplantayon merkezlerine bağlı kaldığından olabilecek herhangi bir usulsüz uygulamanın da önüne geçilmiş olur.